《雾影猎人》整部主线划分成十二章，通过四大剧情阶段来展开，将风息湾、神木林以及布兰德要塞这三大地图紧密连接，这既是新手了解游戏进度、掌握玩法的关键，也是理解整个世界观的根本线索。游戏所构建的世界观，起源于诸神陨落的末日残存时代，玩家扮演被命运观测者露所唤醒的猎金人，目的在于修复命运之网，并将雾影灾厄彻底肃清。
主线刚开始的阶段，属于迷雾初探时期。玩家从流金海域登岸风息湾营地，在这里接到首批主线任务，诸如《祈祷之声》、《归乡之铃》这类基础探索任务。在任务进行中，玩家将与核心NPC命运观测者露和传奇铁匠德拉姆结识，通过调查诡异铃铛所显现的异象，了解到整片大陆所遭遇的畸变灾难，其根源在于神之锚紊乱，导致大量生灵遭受灵魂侵蚀而异化。玩家在露命运推演的引导下，逐渐锁定灾厄的本源，并解锁了前期的探索与战斗机制。
进入中段剧情，游戏则转入神木林探秘环节，主线核心任务是为追查矿难真相，并帮助德拉姆兄妹重聚。玩家需要深入密林之中，挑战前期著名的BOSS暴食者，这个怪物是研究员奥托通过非法灵魂实验所制造出的畸变生物。一旦玩家成功通关此战，关键剧情的伏笔便会解锁，过往矿难并非偶然事件，而是无数劳工和伤兵被秘密献祭，成为了禁忌灵魂实验的素材，剧情至此正式揭露了官方背后隐藏的黑暗阴谋。
剧情进展到后期，则聚焦于布兰德要塞真相的揭示。玩家顺着线索进入要塞核心区域，逐步击破沿途的守卫力量，并与守将哈拉德将军展开对战。哈拉德的扭曲灵魂，正是官方暴政与非法实验的象征。击败BOSS后，玩家便彻底揭穿了官方编造矿难、掩盖禁忌实验的谎言，将那些被禁锢的无辜灵魂解放，并彻底摸清了幕后势力培养畸变体、操控大陆秩序的完整脉络。
最终章节则迎来了主线的大结局。所有线索最终都指向伪神培育计划。幕后势力企图不断献祭生灵，篡改命运法则，以此来塑造伪神，从而掌控雾影大陆。玩家以猎金人的身份打破命运的束缚，彻底终结了黑暗灵魂实验，将伪神的阴谋击碎，修复了破碎的命运之网，最终结束了已经持续了很长时间的雾影灾厄，完成了主线的最终通关剧情，同时也解锁了全部世界观相关的彩蛋和高级玩法权限。
