崇祯三年八月十六日，入狱八个月的袁崇焕被凌迟处死。此“处决速度”在明季的获罪高级官僚中颇为靠前，杨镐在死牢待了八年，熊廷弼也拖了三年多 … 那么是谁想让他速死呢？
崇祯二年十二月初一，袁崇焕被皇帝召入京师并逮捕入狱，不过这一天崇祯斥问的罪责不仅少，也没那么“严重”。成基命留下的记录显示，“上历数崇焕不能御敌，及数求入城诸罪状”。
“不能御敌”，并非指袁崇焕未能将清军阻于边墙之外，而是崇祯认为他不主动寻歼入寇的敌军，“奴酋零骑在我城下，任其抢掠，是何道理？也不见崇焕剿杀 … 又说虏精骑不满五千，其余不足杀，为何不动一动”。
但袁崇焕入狱后，满桂率众出击却全军覆灭于京师城外，这说明主动寻歼入寇之敌远非崇祯想得那般容易。“数求入城”，严格来说都不算是罪责。因袁崇焕是“求”而不是“强”入，被拒后他既没学蓝玉，也未摆出其它胁迫之态。另外他被拒后再次奏请，也是看到满桂获准入城后才复求的。
再加上袁崇焕被捕后其案件一直由锦衣卫主审，但好几个月里案件进展缓慢，审讯相关的消息或风声外传极少，具体的罪名更无定论。也就是说，袁崇焕有罪无罪，还看崇祯一言而决。
于是产生了一种观点，崇祯最初不仅没想处死袁崇焕，甚至打算放了他（如《白冤疏》《剖肝录》里的记载）。这种观点对不对，各有看法，笔者提供两个旁证作为参考。
崇祯二年十一月初一，在获知清军入寇后，崇祯将罪责扣在刚上任不足五个月的蓟辽总督刘策头上并要求他戴罪立功，“以匹马不入为功，若纵入内地以失机论”。然而刘策接到圣旨时局势已急剧恶化，重镇遵化沦陷。
蓟镇的战备以及军事实力如何，崇祯其实比刘策更清楚，因为明廷刚勉强压住蓟镇的大规模哗变（数万边军弃防闹饷）。但理解归理解，要求是要求。崇祯转而又令刘策，在巡抚总兵皆阵亡的情况下率蓟镇残部收复遵化 …… 刘策有能力复命么？结果半月不到，他就走完下狱到斩首弃市（崇祯三年正月初十）的流程。而刘策的级别和职权并不比袁崇焕低，所以崇祯会怎么处置被他认为不主动迎击敌军的督师呢？
袁崇焕入狱后，京师巡捕营抓获了一个山西木匠张思栋，初审后认定其为袁崇焕派入京师的奸细。崇祯由此命令锦衣卫北镇抚司李若琏，调查袁“通虏谋叛”的罪证。李若琏审查后上报结果，张思栋是被屈打成招。
及讯，犯人随口直认云：“袁督师修盖衙门，戴方巾，穿白绫袍。知我常在京中，遂差打听京中有多少人马。欲起手反叛。”君再四诱问，始痛哭曰：“捕营苦刑，叫如此说，不然驳回，当时夹死。我是山西人，在京作木匠，何曾到辽东？”君据实上报。上令锦衣卫刘侨再审，乃以为真，立付重辟。君失出降二级，回卫。君笑曰：“吾不以人命博一官也。” 《畿辅人物志》 如果崇祯真的有心宽宥袁崇焕，这不是个可用的台阶么？但崇祯收到相关卷宗后，下令李若琏降两级外调，案子交北镇抚司指挥使刘侨重审。
袁崇焕下狱后，在穷治其罪方面最活跃的人是梁廷栋和温体仁。也不能说他们恨袁崇焕入骨，只是两人均发现袁崇焕是他们获取皇帝青睐上位以及倒阁的最佳垫脚石。
梁廷栋意识到崇祯缺乏处死袁崇焕的直接罪名，因此他将崇祯本不好意重提的“斩帅”和似是而非“谋款”给联系起来，“迨夫逆酋以纳款愚崇焕，而必杀文龙以取信。崇焕以碍款图文龙，而遂引敷奏为主谋，惟时同恶相济”。
简单说，虽然朝廷和皇帝都认为毛文龙是罪有应得，但袁崇焕杀他不是正国法、严军纪而是为了“款敌”，其心可诛。
注：袁崇焕双岛斩杀毛文龙后，崇祯连发两道圣旨为其解释，“（毛文龙）近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测。且通夷有迹，犄角无资，掣肘兼碍。卿能周虑猝图，声罪正法。事关封疆安危，